Episcanner parameters

Dados do EpiScanner ¶

Aqui você tem acesso a dados em tempo real do Epi-Scanner. A ferramenta Epi-Scanner foi co-desenvolvida pelo projeto InfoDengue. O conjunto de dados fornece estimativas de parâmetros epidemiológicos para cada cidade e ano no Brasil, com foco em Dengue e Chikungunya. Informações detalhadas sobre a metodologia usada para calcular esses parâmetros podem ser encontradas aqui.

Como citar¶

Se você usar os dados do EpiScanner em sua pesquisa, cite:

ARAUJO, E. C. et al. Large-scale epidemiological modelling: scanning for mosquito-borne diseases spatio-temporal patterns in Brazil. Royal Society Open Science, v. 12, n. 5, p. 241261, 2025. Disponível em: https://royalsocietypublishing.org/rsos/article/12/5/241261/235685/Large-scale-epidemiological-modelling-scanning-for.

Tabela de Parâmetros¶

Entrada¶

Nome do Parâmetro	Obrigatório	Tipo	Descrição
disease	sim	str	Doença específica. Opções: dengue, zika, chik
uf	sim	str (UF)	Abreviação de duas letras do estado brasileiro. Ex: SP
year	não	int	Ano específico. Padrão: ano atual

Saída¶

Nome do Parâmetro	Tipo	Descrição
disease	str	dengue, zika ou chik
CID10	str	Código CID da doença
year	int	Ano analisado
geocode	int	Código geográfico da cidade
muni_name	str	Nome da cidade
peak_week	float	Semana epidemiológica estimada do pico da epidemia
beta	float	Taxa de transmissibilidade
gamma	float	Taxa de recuperação
R0	float	Número reprodutivo básico
total_cases	int	Número total anual de casos
alpha	float	Parâmetro do modelo de Richard
sum_res	float	Soma dos resíduos (ver documentação)
ep_ini	str	Semana de início estimada da epidemia. Formato: AAAAAS
ep_end	str	Semana de término estimada da epidemia. Formato: AAAAAS
ep_dur	int	Duração estimada da epidemia em semanas

Exemplos de uso¶

Python3Rcurl

import mosqlient

mosqlient.get_episcanner(
    api_key = api_key,
    disease = "dengue",
    uf = "SP"
)

library(httr)
library(jsonlite)

episcanner_api <- "https://api.mosqlimate.org/api/datastore/episcanner/"

params <- list(
    disease = "dengue",
    uf = "SP"
)

headers <- add_headers(
  `X-UID-Key` = API_KEY
)

resp <- GET(episcanner_api, query = params, headers)

items <- fromJSON(rawToChar(resp$content))

curl -X 'GET' \
'https://api.mosqlimate.org/api/datastore/episcanner/?disease=dengue&uf=SP' \
-H 'accept: application/json' \
-H 'X-UID-Key: See X-UID-Key documentation' \
-d ''